texto = 'Esta es la primer   línea,\nesta es la segunda\ny esta es la tercera.'

lista_texto = texto.split(' ')
print(lista_texto)

['Esta', 'es', 'la', 'primer', '', '', 'línea,\nesta', 'es', 'la', 'segunda\ny', 'esta', 'es', 'la', 'tercera.']

El problema con la ,

nueva_lista_texto = []
for palabra in lista_texto:
    nueva_palabra = palabra.replace(',','')
    nueva_palabra = nueva_palabra.replace('\n','')
    nueva_lista_texto.append(nueva_palabra)
    
    
print(nueva_lista_texto)    

['Esta', 'es', 'la', 'primer', '', '', 'líneaesta', 'es', 'la', 'segunday', 'esta', 'es', 'la', 'tercera.']

Lista de listas

lista_texto = texto.split('\n')
print(lista_texto)
nueva_lista_texto = []
for linea in lista_texto:
    nueva_linea = linea.replace(',','')
    palabras = nueva_linea.split(' ')
    nueva_lista_texto.append(palabras)
        
print(nueva_lista_texto)    

['Esta es la primer   línea,', 'esta es la segunda', 'y esta es la tercera.']
[['Esta', 'es', 'la', 'primer', '', '', 'línea'], ['esta', 'es', 'la', 'segunda'], ['y', 'esta', 'es', 'la', 'tercera.']]

Usando extend

lista_texto = texto.split('\n')
print(lista_texto)
nueva_lista_texto = []
for linea in lista_texto:
    nueva_linea = linea.replace(',','').replace('.','')
    palabras = nueva_linea.split(' ')
    nueva_lista_texto.extend(palabras)
        
print(nueva_lista_texto)  

['Esta es la primer   línea,', 'esta es la segunda', 'y esta es la tercera.']
['Esta', 'es', 'la', 'primer', '', '', 'línea', 'esta', 'es', 'la', 'segunda', 'y', 'esta', 'es', 'la', 'tercera']

Unique

lista_unica = list(set(nueva_lista_texto))
print(lista_unica)
lista_unica.remove('')
print(lista_unica)

['la', '', 'es', 'tercera', 'primer', 'esta', 'línea', 'Esta', 'segunda', 'y']
['la', 'es', 'tercera', 'primer', 'esta', 'línea', 'Esta', 'segunda', 'y']

Contando cuántas veces aparece una palabra en la lista

for palabra in lista_unica:
    count = nueva_lista_texto.count(palabra)
    print(palabra, 'aparece ',count, 'veces en el texto')

la aparece  3 veces en el texto
es aparece  3 veces en el texto
tercera aparece  1 veces en el texto
primer aparece  1 veces en el texto
esta aparece  2 veces en el texto
línea aparece  1 veces en el texto
Esta aparece  1 veces en el texto
segunda aparece  1 veces en el texto
y aparece  1 veces en el texto

dicc = {} # un diccionario
for palabra in lista_unica:
    count = nueva_lista_texto.count(palabra)
    dicc.update({palabra:count})
    print(palabra, 'aparece ',count, 'veces en el texto')

la aparece  3 veces en el texto
es aparece  3 veces en el texto
tercera aparece  1 veces en el texto
primer aparece  1 veces en el texto
esta aparece  2 veces en el texto
línea aparece  1 veces en el texto
Esta aparece  1 veces en el texto
segunda aparece  1 veces en el texto
y aparece  1 veces en el texto

print(dicc)

{'la': 3, 'es': 3, 'tercera': 1, 'primer': 1, 'esta': 2, 'línea': 1, 'Esta': 1, 'segunda': 1, 'y': 1}